生物質鍋爐內加藥水處理就是通過在給水中加入適量的防垢劑，使其在鍋內與水中硬度物質發生化學反應，生成疏松的、有流動性的水渣，隨排污除去而防止生物質蒸汽鍋爐結垢的方法。鍋內加藥處理法具有投資少、設備簡單、操作容易、管理方便等優點，但其防垢效果不如鍋外化學處理法，對于臥式燃油蒸汽鍋爐來說，單純的鍋內水處理僅適用于無水冷壁管的立式爐。

另外，對于采用鈉離子交換處理的，當殘留硬度較大或鍋水pH值和堿度達不到標準要求時，也需進行鍋內加藥補充處理。